Escherichia coli

Comment lire ce graphe

Ce graphe représente les interactions écologiques documentées entre Escherichia coli et d'autres espèces, à partir de la base GloBI (Global Biotic Interactions, agrégation mondiale de la littérature scientifique) — source principale, complétée par d'autres jeux de données d'interactions agrégés par Ontologia. Il faut le comprendre comme une carte du savoir documenté, pas une carte de la réalité écologique exhaustive.

Limites principales

• Incomplet. La majorité des interactions écologiques en milieu naturel n'ont jamais été publiées. Une espèce sans liens visibles n'est pas isolée — elle est probablement mal étudiée.
• Biais publication pharmaco-agronomique. La littérature des interactions est polarisée par les enjeux économiques et sanitaires : parasitism / pathogen sur-pondéré sur les mammifères (recherche zoonoses, vecteurs), herbivory sur-pondéré sur les insectes phytophages (entomologie agronomique). À l'inverse, mutualisms, commensalisms et interactions sol/microbiote sont sous-cités. Conseil de lecture : sur les hubs mammifères ou les insectes ravageurs de culture, lire les arêtes parasitism / herbivory dominantes relativement au contexte de littérature, pas comme une mesure d'intensité écologique brute. Détails §10.1.
• Biaisé vers les espèces étudiées. Quelques espèces (oiseaux communs, abeille mellifère, espèces modèles) concentrent disproportionnellement plus d'interactions documentées. Notre score composite ajoute un malus aux hubs de littérature pour atténuer cette dominance visuelle.
• Interactions documentées globalement. Toutes les espèces affichées sont observées en France métropolitaine (les observations sont filtrées sur le territoire métropolitain), mais les interactions entre elles proviennent de la littérature scientifique mondiale. Une interaction documentée à l'étranger peut ne pas se réaliser à l'identique sur votre territoire. Le filtre « restreindre à ma commune » tient compte de la co-occurrence spatiale locale mais ne garantit pas l'interaction effective.
• Sans dimension temporelle. Les variations saisonnières (migration, floraison, cycle de vie) ne sont pas modélisées.
• Force d'interaction approximative. L'épaisseur des liens reflète le nombre de fois où l'interaction a été rapportée dans la littérature, pas son importance écologique réelle.

Comment nous sélectionnons les espèces affichées

Le graphe affiche au plus 31 nœuds par fiche (1 centre + 15 bulles depth=1 + 15 partenaires depth=2). Le serveur sélectionne intelligemment :

• Bulles famille créées si une cascade taxonomique existe ou si ≥3 espèces directement documentées partagent une même famille — les espèces sont absorbées dans la bulle (pas de doublon visuel)
• Espèces individuelles uniquement quand <3 dans une famille (sans cascade) — relations directes documentées
• Pas d'espèces inférées affichées en doublon — les cascades sont représentées via les bulles famille uniquement
• Partenaires depth=2 sélectionnés via algo priorité : candidat partagé par ≥2 docs de la famille (food web central) → reliant entre bulles → top sum_obs en dernier recours
• Sous-types GloBI traduits en français au survol de la flèche (chasse, parasite, parasitoïde, mycorhize…)

Le toggle Profondeur 1 ↔ 2 client-side cache ou affiche les partenaires depth=2 sans refetch. Filtres règne, type d'interaction, ordres/familles, patrimoniales et commune recalculent côté serveur (slow path live ~1-2 s).

Indicateurs avancés (mode expert) : Modularité Q (Newman 2006, PNAS), communautés (Louvain, Blondel et al. 2008, J. Stat. Mech.), nestedness NODF (Almeida-Neto et al. 2008, Oikos).

Source : GloBI · TAXREF v18 (INPN/MNHN) · BDC-Statuts · Wikidata