Sources & citations

TAXREF v18

Référentiel taxonomique national. Fournit la hiérarchie complète (règne → famille → genre → espèce), les noms scientifiques et vernaculaires, et les statuts de présence pour 114 065 espèces chargées dans Ontologia (sous-ensemble exploité du référentiel TAXREF v18, hors taxons infra-spécifiques non utilisés).

Éditeur

INPN / MNHN

Licence

Licence Ouverte Etalab 2.0 (usage libre, y compris commercial, attribution requise)

Lien

inpn.mnhn.fr/…/taxref

Gargominy O., Tercerie S., Régnier C., Ramage T., Dupont P., Daszkiewicz P. & Poncet L. (2024)
TAXREF v18, référentiel taxonomique pour la France. Muséum national d'Histoire naturelle, Paris.

GloBI — Global Biotic Interactions

Base ouverte d'interactions interspécifiques agrégeant des milliers d'études : prédation, pollinisation, parasitisme, symbiose, etc. Source des ~1 M d'arêtes du graphe d'Ontologia.

Éditeur

Jorrit Poelen et al.

Licence

CC BY (attribution requise, usage commercial permis)

Lien

globalbioticinteractions.org

Poelen, J. H., Simons, J. D., & Mungall, C. J. (2014).
Global Biotic Interactions: An open infrastructure to share and analyze species-interaction datasets.
Ecological Informatics, 24, 148–159. https://doi.org/10.1016/j.ecoinf.2014.08.005

GBIF — Global Biodiversity Information Facility

Occurrences géolocalisées (lat/lng + date) pour les espèces observées sur le territoire français. Agrège les données de l'INPN, d'iNaturalist France, d'eBird, d'Observation.org et des portails SINP régionaux. Source des pages écosystème par commune.

Éditeur

GBIF Secretariat, Copenhague

Licence

CC BY-NC 4.0

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gbif.org

DOI

https://doi.org/10.15468/dl.w4ektb

Téléchargé le

20 avril 2026

Citation (format GBIF)

GBIF.org (20 avril 2026) GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.w4ektb

Ontologia utilise ces données en tant que *dataset dérivé* (agrégation par commune)
conformément aux règles GBIF : https://www.gbif.org/citation-guidelines

HABREF v7 — Référentiel des habitats

Référentiel national des typologies d'habitats et de végétations de France (métropole et outre-mer). Couvre 91 typologies (EUNIS 2012, EUNIS 2022, CORINE Biotopes, Cahiers d'habitats, HIC Natura 2000, etc.) pour un total de 22 707 habitats et 63 162 liens espèce × habitat. Source des pages habitats.

Éditeur

PatriNat (OFB-CNRS-MNHN) / INPN

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Licence Ouverte Etalab 2.0

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inpn.mnhn.fr/…/habitats

Gaudillat V., Andres S., Decherf B., La Rivière M., Vallez E. (2023)
HabRef v7.0, référentiel des typologies d'habitats et de végétation pour la France.
Guide méthodologique. PatriNat (OFB-MNHN-CNRS-IRD), Paris.
HAL: mnhn-04077190.

BDC-Statuts v18 — Statuts de protection

Base de connaissance des statuts officiels de 21 252 espèces françaises : Listes rouges UICN (monde, Europe, France), protection nationale (PN), Directives européennes Habitats & Oiseaux, Plans Nationaux d'Action (PNA), déterminance ZNIEFF, conventions internationales (Berne, Bonn, CITES). Source des badges de statuts et des blocs « espèces patrimoniales ».

Éditeur

PatriNat (OFB-CNRS-MNHN) / INPN

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Licence Ouverte Etalab 2.0

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inpn.mnhn.fr/…/statuts

UMS PatriNat (OFB-CNRS-MNHN) (2024)
Base de connaissance « Statuts de protection, de menace et de réglementation »
des espèces de France (BDC-Statuts v18). INPN, Muséum national d'Histoire naturelle, Paris.

UICN — Liste Rouge des espèces menacées

Référentiel mondial d'évaluation du risque d'extinction des espèces (catégories CR, EN, VU, NT, LC, DD, NE). Utilisée pour les statuts Liste Rouge France, Europe et monde sur chaque fiche espèce, et comme pondération sévérité dans le calcul de l'indicateur patrimonial des communes (score 0=LC → 5=EX, principe Red List Index — Butchart et al. 2007, PLoS ONE 2(1):e140). Les évaluations françaises passent par le Comité français de l'UICN + MNHN ; les évaluations mondiales sont publiées directement par l'UICN Global Species Programme.

Éditeur

UICN Global Species Programme + Comité français UICN / MNHN

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Terms of Use UICN — attribution requise, usage non-commercial sans permission

Liens

iucnredlist.org · uicn.fr/liste-rouge-france

Rapportage DHFF 2025 — Évaluations Natura 2000

Évaluations par domaine biogéographique (Atlantique, Continental, Méditerranéen, Alpin) de l'état de conservation des espèces d'intérêt communautaire (annexes II, IV, V de la Directive Habitats-Faune-Flore 92/43/CEE). Couvre 275 espèces évaluées sur 4 domaines + milieu marin. Rapportage sexennal transmis à la Commission européenne en 2025 pour la période 2019-2024.

Éditeur

MTES / MNHN / OFB

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Licence Ouverte Etalab 2.0

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inpn.mnhn.fr/…/rapportage

Ministère de la Transition écologique / MNHN / OFB (2025)
Rapportage au titre de l'article 17 de la Directive Habitats-Faune-Flore (92/43/CEE),
période 2019-2024. INPN, Muséum national d'Histoire naturelle, Paris.

ZNIEFF — Zones Naturelles d'Intérêt Écologique Faunistique et Floristique

Inventaire scientifique national des zones à fort enjeu biologique, identifiées par la présence d'espèces déterminantes (rareté, patrimonialité). 20 095 zones importées (type I ponctuelles, type II grandes unités, marines), métropole + DOM. Espèces déterminantes listées dans znieff_species permettant le calcul de déterminance ZNIEFF par espèce et par zone.

Éditeur

PatriNat (OFB-CNRS-MNHN) / INPN

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Licence Ouverte Etalab 2.0

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inpn.mnhn.fr/programme/inventaire-znieff

Horellou A., Touroult J. et al. (2013)
Cadre méthodologique pour l'inventaire ZNIEFF Continental.
Service du Patrimoine Naturel, MNHN-DIREVS, SPN 2013-13.

Natura 2000 (France)

Réseau européen de sites désignés au titre des Directives Habitats (92/43/CEE — ZSC) et Oiseaux (2009/147/CE — ZPS). 1 762 sites français avec Formulaires Standards de Données (FSD) listant les espèces et habitats d'intérêt communautaire (annexes I, II, IV, V). Source des liens espèces ↔ sites Natura 2000 sur fiche espèce et fiche site.

Éditeur

Commission européenne / INPN-PatriNat (compilation FR)

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Licence Ouverte Etalab 2.0

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inpn.mnhn.fr/programme/natura2000

MNHN, Service du Patrimoine Naturel (mise à jour continue).
Réseau Natura 2000 — Formulaires Standards de Données.
Directive Habitats 92/43/CEE + Directive Oiseaux 2009/147/CE.

Espaces Protégés INPN (RNN, RNR, APB, PN, PNR, Ramsar…)

Base nationale unifiée de tous les espaces protégés français. 11 425 zones réparties en 57 types de désignation : Réserves Naturelles Nationales (RNN), Réserves Naturelles Régionales (RNR), Arrêtés de Protection de Biotope (APB), Parcs Nationaux (PN) + Parcs Naturels Régionaux (PNR), sites Ramsar (zones humides d'importance internationale), Géoparcs UNESCO, sites classés/inscrits, Conservatoires d'espaces naturels, terrains du Conservatoire du Littoral. 15 territoires (métropole + DOM-TOM). Source du bonus patrimonial spatial v2 ICO (8 catégories pondérées — cf /methodologie §3).

Éditeur

PatriNat (OFB-CNRS-MNHN) / INPN

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Licence Ouverte Etalab 2.0

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inpn.mnhn.fr/programme/espaces-proteges

MNHN — INPN / PatriNat.
Base nationale des espaces protégés (57 types de désignation exploités).
Inclut : RNN, RNR, APB, PN, PNR, Ramsar, Géoparcs UNESCO,
sites classés/inscrits, terrains CEN, Conservatoire du Littoral.

EEE-UE — Règlement (UE) 1143/2014 (espèces exotiques envahissantes)

Liste de l'Union européenne des Espèces Exotiques Envahissantes (EEE) préoccupantes pour l'Union, établie par le règlement 1143/2014 et ses actes d'exécution successifs (2025/1422 pour la version en vigueur). 88 espèces (incluant frelon asiatique, écureuil gris, écrevisses américaines, ambroisie, renouée du Japon, jussie, etc.). Le flag is_eee_ue_regulated sur la table species alimente le badge « ⚠ EEE UE » sur les fiches espèces.

Éditeur

Commission européenne — diffusion DwC-A par INBO (Belgique) sur GBIF

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CC0 1.0 (domaine public)

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eur-lex.europa.eu CELEX:32014R1143

Parlement européen et Conseil de l'Union européenne (2014).
Règlement (UE) n° 1143/2014 du 22 octobre 2014 relatif à la
prévention et à la gestion de l'introduction et de la propagation
des espèces exotiques envahissantes.

Liste de l'Union (acte d'exécution 2025/1422).
DwC-A republié sur GBIF (dataset 79d65658-526c-4c78-9d24-1870d67f8439).

TAXREF v18 — Synonymes (résolution noms scientifiques)

Sous-jeu spécifique de TAXREF v18 : les 246 558 binômes synonymes pointant vers une espèce acceptée FR. Indispensable pour résoudre les imports GBIF / GloBI / sources de traits où le binôme utilisé n'est pas le nom accepté TAXREF (ex : Aedes albopictus→ Stegomyia albopicta). Sans ce mapping, 2 590 obs FR et toutes les interactions GloBI de cette espèce auraient été silencieusement perdues. Stocké dans species_synonyms avec cd_ref → species_id.

Éditeur

INPN / MNHN — TAXREF v18

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Licence Ouverte Etalab 2.0

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inpn.mnhn.fr/…/taxref

AnAge (HAGR)

Base de référence académique sur la longévité et les traits de vie (maturité, gestation, ventrée, masse adulte, métabolisme). 4 645 vertébrés couverts. Gold standard cité par 3 000+ publications. Pour Ontologia : ~685 espèces TAXREF matchées, 2 789 traits.

Éditeur

Human Ageing Genomic Resources (genomics.senescence.info)

Licence

Liberal academic (CC-BY-NC-compatible)

Lien

genomics.senescence.info/species

Tacutu R. et al. 2018. Human Ageing Genomic Resources: new and updated databases.
Nucleic Acids Research 46(D1):D1083-D1090.
doi: 10.1093/nar/gkx1042

PanTHERIA

Référentiel mondial de 5 400+ mammifères extants avec 45+ traits : masse, longueur, BMR, longévité, gestation, portée, sevrage, activité, régime, habitat, distribution géographique, climat. Publié dans Ecological Archives. Pour Ontologia : 123 mammifères TAXREF matchés, 1 266 traits.

Éditeur

Ecological Society of America (Ecological Archives)

Licence

Liberal academic (citation libre)

Lien

esapubs.org/archive/ecol/E090/184

Jones K.E. et al. 2009. PanTHERIA: a species-level database of life history,
ecology, and geography of extant and recently extinct mammals.
Ecology 90:2648. Ecological Archives E090-184.

AVONET

Base morphologique, écologique et géographique couvrant TOUS les oiseaux (11 009 species). 11 mesures morphologiques principales (bec, ailes, masse, tarse, queue) + 90 020 individus échantillonnés + habitat, régime, migration, range. Pour Ontologia : 407 oiseaux TAXREF matchés, 7 976 traits.

Éditeur

Tobias J.A. et al. (hosted Figshare)

Licence

CC-BY 4.0

Lien

figshare.com/AVONET

Tobias J.A. et al. 2022. AVONET: morphological, ecological and geographical
data for all birds. Ecology Letters 25:581-597.
doi: 10.1111/ele.13898

AmphiBIO

Base globale de 17 traits écologiques sur 6 500+ amphibiens : habitat (fossorial, arboreal, aquatic, terrestrial), régime (arthropodes, vertébrés, fruits…), cycle d'activité, taille, reproduction, élévation. Pour Ontologia : 38 amphibiens TAXREF matchés, 534 traits.

Éditeur

Oliveira B.F. et al. (hosted Figshare)

Licence

CC-BY 4.0

Lien

doi.org/10.6084/m9.figshare.4644424.v5

Oliveira B.F. et al. 2017. AmphiBIO, a global database for amphibian
ecological traits. Scientific Data 4:170123.
doi: 10.1038/sdata.2017.123

SquamBase

Base de 11 744 squamates (lézards + serpents) avec morphologie (longueur, masse, SVL), life history, distribution, habitat, régime. 18 ans de travail manuel, 10 285 sources littérature. Pour Ontologia : 35 squamates TAXREF matchés, 387 traits.

Éditeur

Meiri S. et al. (hosted Zenodo & Dryad)

Licence

CC-BY 4.0

Lien

zenodo.org/records/10602503

Meiri S. et al. 2024. SquamBase—A database of squamate (Reptilia: Squamata) traits.
Global Ecology and Biogeography.
doi: 10.1111/geb.13812

FishBase

Base de référence mondiale pour les poissons (35 731 species). Taxonomie, morphologie, longévité, masse, habitat (demersal/pelagic/benthic), régime, vulnérabilité, range de profondeur, migration (anadromous/catadromous…). Import via snapshot HuggingFace v24.07 pour reproductibilité. Pour Ontologia : 831 poissons TAXREF matchés, 5 725 traits.

Éditeur

Froese R. & Pauly D. (eds.) FishBase.org

Licence

CC-BY-NC 4.0

Lien

fishbase.org · snapshot HuggingFace

Froese R. & Pauly D. (eds.) FishBase. World Wide Web electronic publication.
www.fishbase.org, version (current).
Snapshot reproducible : Boettiger C. huggingface.co/datasets/cboettig/fishbase v24.07

EltonTraits 1.0

Référentiel mondial des régimes alimentaires et stratégies de nourrissage pour 9 993 oiseaux et 5 400 mammifères. 10 catégories diététiques en pourcentage (invertébrés, vertébrés endo/ectothermes, poissons, charognards, fruits, nectar, graines, matière végétale) + 7 strates de nourrissage (sol, sous-bois, canopée, aérien, surface d'eau…) + activité temporelle (nocturne/diurne/crépusculaire) + masse corporelle. Source de référence pour analyses trophiques interspécifiques.

Éditeur

Ecological Society of America — Ecological Archives E095-178

Licence

Liberal academic (ESA, citation libre)

Lien

esapubs.org/archive/ecol/E095/178

Wilman H., Belmaker J., Simpson J., de la Rosa C., Rivadeneira M.M., Jetz W. 2014.
EltonTraits 1.0: Species-level foraging attributes of the world's birds and mammals.
Ecology 95(7): 2027.
doi: 10.1890/13-1917.1

AnimalTraits

Base multi-taxon curée de masse corporelle, taux métabolique de base et taille du cerveau pour ~2 900 animaux (mammifères, oiseaux, reptiles, amphibiens, poissons, arachnides, insectes, mollusques, échinodermes). Compilée depuis plus de 400 sources avec validation d'unités et de méthodologies, format observations (une ligne par mesure individuelle) — Ontologia agrège en prenant la médiane par espèce.

Éditeur

Herberstein M.E. et al. — Macquarie University

Licence

CC-BY 4.0

Lien

animaltraits.org

Herberstein M.E., McLean D.J., Lowe E., Wolff J.O., Khan M.K., Smith K., et al. 2022.
AnimalTraits — a curated animal trait database for body mass, metabolic rate and brain size.
Scientific Data 9: 265.
doi: 10.1038/s41597-022-01364-9

Arthropod Traits NW Europe (Logghe et al. 2025)

Référentiel de traits pour 4 000+ arthropodes d'Europe du Nord-Ouest(insectes : Coléoptères, Lépidoptères, Hémiptères, Orthoptères, Diptères ; + arachnides : Araneae). 10 traits propres : taille corporelle, fécondité, durée de développement, voltinisme, capacité de dispersion, longévité, enveloppe thermique (min/max/mean/range). 30 604 mesures compilées depuis la littérature et l'expertise. Format Darwin Core Archive publié en 2025 via l'IPT belge, indexé GBIF (dataset a684ca81-66f3-4d38-863e-463f79220f03).

Éditeur

Ghent University — Terrestrial Ecology Unit (Bonte lab) + co-auteurs INBO / ZFMK / Ghent

Licence

CC-BY-NC 4.0

Lien

doi.org/10.15468/75g5z9

Logghe G., Batsleer F., Maes D., Permentier T., Berg M.P., Brosens D., Cooleman S.,
De Smedt P., Hagge J., Lambrechts J., Pollet M., Verheyde F., Bonte D. 2025.
Northwestern European arthropod life histories and ecological traits.
Ghent University. Checklist dataset version 1.1.
doi: 10.15468/75g5z9

BROT 2.0 — plantes méditerranéennes

Base de 2 457 plantes du bassin méditerranéen avec 44 traits fonctionnels : forme de croissance, type de feuille/fruit, mode de dispersion, masse et dimensions de semence, SLA, réponse au feu, sérotinie, système de pollinisation, phénologie. 91 626 records compilés depuis la littérature et le terrain. Particulièrement pertinent pour la flore française du Sud (Provence, Corse, Languedoc, Roussillon, littoral PACA).

Éditeur

Tavşanoğlu Ç. & Pausas J.G. — CIDE-CSIC + Hacettepe University

Licence

CC-BY 4.0

Lien

doi.org/10.6084/m9.figshare.c.3843841

Tavşanoğlu Ç. & Pausas J.G. 2018.
A functional trait database for Mediterranean Basin plants.
Scientific Data 5: 180135.
doi: 10.1038/sdata.2018.135

TRY Plant Trait Database — sous-ensemble catégorique

Base de référence mondiale des traits de plantes (Kattge et al. 2020, plus de 11 millions de mesures sur 100 000+ espèces). Ontologia importe le sous-ensemble Categorical Traits Lookup Table (CC-BY, accès libre après inscription gratuite) : 66 043 plantes mondiales avec 13 traits catégoriques clés — PlantGrowthForm (fern/moss/herb/graminoid/shrub/tree), LeafType (broadleaved/needleleaved), LeafPhenology (deciduous/evergreen), PhotosyntheticPathway (C3/C4/CAM), Woodiness, LeafCompoundness, Succulent, Climber, Parasitic, Aquatic, Epiphyte, Crop, Palmoid. Pour Ontologia : 3 928 plantes TAXREF matchées, 17 471 traits.

Éditeur

Max Planck Institute for Biogeochemistry + consortium TRY (500+ contributeurs)

Licence

TRY Terms of Service (CC-BY-SA avec citation requise)

Lien

try-db.org

Kattge J., Bönisch G., Díaz S., Lavorel S., Prentice I.C., Leadley P. et al. 2020.
TRY plant trait database — enhanced coverage and open access.
Global Change Biology 26(1): 119-188.
doi: 10.1111/gcb.14904

World Spider Trait database (WST)

Base mondiale centralisée de traits d'araignées (Pekár et al. 2021). 513 571 records pour ~13 000 espèces d'Araneae couvrant 8 catégories : morphométrie (body length, cephalothorax, patte I-IV, tibia, tarsus), morphologie (colorations prosoma/opisthosoma), écologie (moisture, light, stratum, subterranean affinity, ballooning, microhabitat, urban), prédation (hunting guild, web building, prey size/diversity, paralysis latency), physiologie (thermal limits, venom profiling), reproduction (eggsacs, eggs/sac, egg size), life history (instar duration, survival) et biomechanics (silk strength, toughness, strain). API REST publique documentée. Pour Ontologia : 1 223 araignées TAXREF matchées, 11 028 traits.

Éditeur

Pekár S., Cardoso P. et al. — Masaryk University (Brno)

Licence

CC-BY 4.0 (datasets restricted filtrés à l'import)

Lien

spidertraits.sci.muni.cz

Pekár S., Černecká Ľ., Wolff J.O., Szymkowiak P., Bennett R., Smith H., et al. 2021.
The World Spider Trait database: a centralized global open repository for curated data on spider traits.
Database (Oxford) 2021: baab064.
doi: 10.1093/database/baab064

LEDA Traitbase — flore d'Europe du Nord-Ouest

Base de traits fonctionnels pour ~8 000 plantes d'Europe. Ontologia importe 4 traits clés : masse de semence, hauteur du couvert,specific leaf area (SLA), âge à la première floraison. Données issues d'une compilation systématique d'herbiers et d'études de terrain dans 15+ pays européens ; agrégation par médiane en cas de valeurs multiples par espèce.

Éditeur

Kleyer M. et al. — Consortium LEDA (Université d'Oldenburg + 20 institutions)

Licence

Usage académique avec citation requise

Lien

uol.de/en/landeco/research/leda

Kleyer M., Bekker R.M., Knevel I.C., Bakker J.P., Thompson K., Sonnenschein M.,
Poschlod P., van Groenendael J.M., Klimeš L., Klimešová J., et al. 2008.
The LEDA Traitbase: a database of life-history traits of the Northwest European flora.
Journal of Ecology 96: 1266-1274.
doi: 10.1111/j.1365-2745.2008.01430.x

GlobTherm — limites thermiques inter-règnes

Base mondiale de tolérances thermiques (CTmin / CTmax / LD50 / LT50) couvrant 2 133 espèces aquatiques et terrestres : invertébrés, vertébrés, plantes. Compilation expérimentale + littérature, méta-données par méthode et par contexte (acclimatation, exposition, métrique). Pour Ontologia : ~370 espèces TAXREF matchées (cd_ref + synonymes), exposées comme traits thermal_tolerance_minet thermal_tolerance_max en °C.

Éditeur

Bennett J.M. et al. — hosted Dryad

Licence

CC0 1.0 (domaine public)

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datadryad.org/…/dryad.1cv08

Bennett J.M., Calosi P., Clusella-Trullas S., Martínez B., Sunday J.,
Algar A.C., Araújo M.B., Hawkins B.A., Keith S., Kühn I., et al. 2018.
GlobTherm, a global database on thermal tolerances for aquatic and terrestrial organisms.
Scientific Data 5: 180022.
doi: 10.1038/sdata.2018.22

EIVE 1.0 — Indicateurs Ellenberg-type harmonisés Europe

Ecological Indicator Values for Europe (EIVE) 1.0 : harmonisation de 31 systèmes régionaux d'indicateurs Ellenberg-type sur 14 835 plantes vasculaireseuropéennes. 5 dimensions × position de niche + niche width : Moisture (M), Nitrogen (N), Reaction / pH (R), Light (L), Temperature (T), échelle 0-10. Pour Ontologia : ~6 000 plantes françaises matchées, 11 traits exposés (eive_moisture, eive_nitrogen, eive_reaction, eive_light, eive_temperature, +5 niche widths).

Éditeur

Dengler J. et al. — Vegetation Classification & Survey (Pensoft)

Licence

CC-BY 4.0

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vcs.pensoft.net/article/98324

Dengler J., Jansen F., Chusova O., Hüllbusch E., Nobis M.P., Van Meerbeek K.,
Axmanová I., Bruun H.H., Chytrý M., Guarino R., et al. 2023.
Ecological Indicator Values for Europe (EIVE) 1.0.
Vegetation Classification and Survey 4: 7-29.
doi: 10.3897/VCS.98324

CSR Strategy (Pierce 2017+) — stratégies écologiques Grime

Position des plantes dans le triangle CSR de Grime (Compétitif / Stress-tolérant / Ruderal) calculée par l'algorithme StrateFy de Pierce 2017 à partir de 3 traits foliaires (LA, LDMC, SLA). Dataset Guo et al. 2022 (Functional Ecology, données Dryad associées) sur 1 660 plantes de la flore tchèque (largement partagée avec FR : Sambucus, Quercus, Avena…). Pour Ontologia : 1 586 / 1 660 = 95% match TAXREF. 6 traits exposés par espèce : csr_competitive, csr_stress_tolerator, csr_ruderal(% 0-100), csr_strategy (CSR/CR/SR/C/S/R), invasion_status(native/alien).

Éditeur

Pierce S. et al. (algorithme StrateFy) ; Guo K., Pyšek P., Chytrý M., Pierce S. et al. (dataset Functional Ecology + Dryad)

Licence

CC0 1.0 (domaine public)

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datadryad.org/…/zkh1893c0

Pierce S., Negreiros D., Cerabolini B.E.L., Kattge J., Díaz S., Kleyer M.,
Shipley B., Wright S.J., Soudzilovskaia N.A., Onipchenko V.G., et al. 2017.
A global method for calculating plant CSR ecological strategies applied across biomes worldwide.
Functional Ecology 31(2): 444-457.
doi: 10.1111/1365-2435.12722

Guo K., Pyšek P., Chytrý M., Divíšek J., Lososová Z., van Kleunen M.,
Pierce S., Guo W.-Y. 2022.
Ruderals naturalize, competitors invade: varying roles of plant adaptive
strategies along the invasion continuum.
Functional Ecology 36(9): 2174-2186. doi: 10.1111/1365-2435.14145
Données Dryad associées : doi: 10.5061/dryad.zkh1893c0

Köppen-Geiger Beck 2023 — classification climatique mondiale

Classification climatique de Köppen-Geiger à 1 km de résolution, période 1991-2020, dérivée de produits CMIP6 contraints. 30 classes climatiques (Cfb océanique, Csa méditerranéen, Dfb continental tempéré, ET toundra alpine…) attribuées par mode zonal au polygone communal. Validation Ontologia : Paris/Brest/Strasbourg/Lille/Bordeaux Cfb (océanique), Marseille/Nice/Ajaccio Csa (méditerranéen), Lyon/Toulouse Cfa(subtropical humide).

Éditeur

Beck H.E. et al. — Princeton / GLOH2O

Licence

CC-BY 4.0

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gloh2o.org/koppen

Beck H.E., McVicar T.R., Vergopolan N., Berg A., Lutsko N.J., Dufour A.,
Zeng Z., Jiang X., van Dijk A.I.J.M., Miralles D.G. 2023.
High-resolution (1 km) Köppen-Geiger maps for 1901-2099 based on constrained CMIP6 projections.
Scientific Data 10: 724.
doi: 10.1038/s41597-023-02549-6

CHELSA V2.1 — variables bioclimatiques BIO 1-19 (1981-2010)

Climatologies haute résolution (1 km) débiaisées par downscaling statistique d'ERA5. Les 19 variables bioclimatiques BIO 1-19 de la suite BIOCLIM (Nix 1986, Busby 1991, étendues à 19 en 1996), popularisées en grille mondiale par WorldClim (Hijmans et al. 2005) puis CHELSA — BIO1-11 températures, BIO12-19 précipitations dont BIO15 saisonnalité — calculées sur 1981-2010. Substitut CC-BY de WorldClim (license NC), résolution équivalente. Méthode Ontologia : mean zonal par polygone communal avec masquage nodata=0 hors emprise. Validation : Paris 11.2°C / 660mm précip, Brest 11.9°C / 1052mm, Marseille 14.8°C / 630mm.

Éditeur

Karger D.N. et al. — WSL Birmensdorf (CHELSA)

Licence

CC-BY 4.0

Lien

chelsa-climate.org/bioclim

Karger D.N., Conrad O., Böhner J., Kawohl T., Kreft H., Soria-Auza R.W.,
Zimmermann N.E., Linder H.P., Kessler M. 2017.
Climatologies at high resolution for the earth's land surface areas.
Scientific Data 4: 170122.
doi: 10.1038/sdata.2017.122

SAFRAN-ISBA-MODCOU SIM2 — réanalyse climatique France 8 km

Réanalyse climatique opérationnelle de Météo-France à 8 km de résolution, assimilant les observations stations + radars + satellites. Normales mensuelles et annuelles 1991-2020 agrégées au polygone communal en moyennant les 3 mailles SAFRAN les plus proches du centroïde. Variables exposées : T moyenne annuelle/saisonnière, Tmin janvier, Tmax juillet, précipitations cumulées, neige, indice d'humidité du sol (SWI), évapotranspiration potentielle (ETP). Référence climatique nationale officielle.

Éditeur

Météo-France / CNRM (Centre National de Recherches Météorologiques)

Licence

Licence Ouverte Etalab 2.0

Lien

meteo.data.gouv.fr/…/sim2

Habets F., Boone A., Champeaux J.-L., Etchevers P., Franchistéguy L.,
Leblois E., Ledoux E., Le Moigne P., Martin E., Morel S., et al. 2008.
The SAFRAN-ISBA-MODCOU hydrometeorological model applied over France.
Journal of Geophysical Research 113: D06113.
doi: 10.1029/2007JD008548

Vidal J.-P., Martin E., Franchistéguy L., Baillon M., Soubeyroux J.-M. 2010.
A 50-year high-resolution atmospheric reanalysis over France with the Safran system.
International Journal of Climatology 30(11): 1627-1644.
doi: 10.1002/joc.2003

DRIAS-2020 TRACC — projections climatiques officielles France

Projections climatiques officielles utilisées par le PNACC-3 (Plan National d'Adaptation au Changement Climatique). Modèle ALADIN63 / CNRM-CM5, niveau de réchauffement GWL20 = +2.0°C global / +2.7°C France, horizon ~2050. 17 indicateurs annuels par maille SAFRAN 8 km : T moyenne / min / max, jours canicule (Tx ≥ 35°C), nuits tropicales (Tn ≥ 20°C), précipitations seasonal, jours secs (SWI ≤ 0.4), feux météo IFM ≥ 40, etc. Validation : Δ Marseille +2.5°C, Paris +3.2°C, jours canicule Toulouse 7.4/an.

Éditeur

Météo-France / Cerfacs / CNRM (programme DRIAS)

Licence

Licence Ouverte Etalab 2.0

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drias-climat.fr

DRIAS, les futurs du climat (2024).
Indicateurs annuels TRACC-2023 par niveau de réchauffement (GWL20 = +2.0°C global).
Projection ALADIN63 - CNRM-CM5 corrigée par MOR (Méthode des Quantile-Quantile).
Référence 1976-2005. Météo-France, Cerfacs, CNRM.

Hansen Global Forest Change v1.11 — couvert forestier

Cartographie mondiale du couvert forestier à 30 m de résolution, dérivée de Landsat. Référence en télédétection forestière (cité 4 000+ fois). Ontologia importe le % canopy cover en l'an 2000(treecover2000) calculé par mean zonal sur le polygone communal — 9 tiles assemblées pour la France métropolitaine. Validation : Bordeaux 1.4% / Lille 3.8% / Marseille 5.3% / Strasbourg 16.8% / Ajaccio 24.1%.

Éditeur

Hansen M.C. et al. — University of Maryland (GLAD)

Licence

CC-BY 4.0

Lien

glad.umd.edu/dataset/global-2010-tree-cover-30-m

Hansen M.C., Potapov P.V., Moore R., Hancher M., Turubanova S.A.,
Tyukavina A., Thau D., Stehman S.V., Goetz S.J., Loveland T.R., et al. 2013.
High-Resolution Global Maps of 21st-Century Forest Cover Change.
Science 342: 850-853.
doi: 10.1126/science.1244693

Version v1.11 (mise à jour 2024).

VIIRS Black Marble — pollution lumineuse nocturne

Radiance nocturne moyenne 2023 mesurée par le capteur VIIRS Day/Night Band (satellite Suomi-NPP). Produit annuel composé après masquage des artefacts (gaz/foudre/aurores/feux/lune). Indicateur clé de pression urbaine sur la biodiversité nocturne (chiroptères, lépidoptères nocturnes, oiseaux migrateurs). Stats Ontologia : mean / min / max nW/cm²/sr. Validation : Paris 76.7, Marseille 72.4, Lyon 64, Brest 21.6, Lozère 0.

Éditeur

Earth Observation Group, Payne Institute — Colorado School of Mines

Licence

Public domain (US Government work)

Lien

eogdata.mines.edu/products/vnl

Elvidge C.D., Zhizhin M., Ghosh T., Hsu F.-C., Taneja J. 2021.
Annual time series of global VIIRS nighttime lights derived from monthly averages: 2012 to 2019.
Remote Sensing 13(5): 922.
doi: 10.3390/rs13050922

Earth Observation Group, Payne Institute for Public Policy, Colorado School of Mines.

Copernicus GLO-30 DEM — relief mondial 30 m

Modèle Numérique de Terrain mondial à 30 m de résolution diffusé librement par l'ESA Copernicus, dérivé du satellite TanDEM-X. Stats par commune : altitude moyenne, minimum, maximum, écart-type (rugosité). Substitut automatique de BD ALTI IGN (téléchargement manuel via portail). Validation Ontologia : Mont-Blanc 4811 m détecté à Chamonix (réel 4808 m, 0.06% erreur), Paris max 137 m (Montmartre).

Éditeur

European Space Agency (ESA) / Sinergise — programme Copernicus

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CC-BY 4.0 (avec attribution « © DLR e.V. 2010-2014 et © Airbus Defence and Space GmbH 2014-2018 »)

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copernicus-dem-30m.s3.amazonaws.com

European Space Agency / Sinergise (2021).
Copernicus Global Digital Elevation Model GLO-30, 30 m resolution.
ESA Copernicus Programme. Distributed via AWS Open Data.
https://copernicus-dem-30m.s3.amazonaws.com/

Sur les fiches espèces, l'enveloppe altitudinale est dérivée d'un croisement GBIF × Copernicus DEM : pour chaque espèce, les communes où elle a été observée sont jointes à commune_landscape_relief et on calcule les percentiles 10 / 50 (typique) / 90 + min / max sur les altitudes communales. Type B+C — l'altitude moyenne par commune n'est pas l'altitude exacte de chaque observation, mais fournit une enveloppe écologique fiable pour 6 000+ espèces dès 3 communes contributrices.

CORINE Land Cover 2018 — occupation du sol Europe

Cartographie d'occupation du sol européenne à 100 m de résolution, 44 classes hiérarchiques (nomenclature CLC niveau 3). Ontologia agrège en 5 super-classes (% urbain / agricole / forêt-naturel / humide / eau) + classe dominante level 3. Référence officielle UE pour reporting biodiversité, plans locaux d'urbanisme, analyses naturalité. Validation : Paris 98% urbain / Marseille 57% urbain + 42% forêt (massifs des Calanques) / Val-d'Isère 99% roches nues.

Éditeur

European Environment Agency (EEA) — Copernicus Land Monitoring Service

Licence

Copernicus Open Access (free, full, open) — équivalent CC-BY 4.0

Lien

land.copernicus.eu/…/clc2018

European Environment Agency (2020).
CORINE Land Cover (CLC) 2018, Version 2020_20u1, 100 m raster.
Copernicus Land Monitoring Service.
https://land.copernicus.eu/en/products/corine-land-cover/clc2018

BRGM — Lithologie simplifiée 1/1 000 000

Carte géologique simplifiée de France métropolitaine à l'échelle 1/1 000 000servie par WFS (Service de Cartographie Web). 1 364 polygones couvrant 11 grandes classes lithologiques : Granites, Basaltes / rhyolites, Gneiss, Micaschistes, Schistes, Calcaires / marnes / gypse, Craie, Argiles, Grès, Sables, Ophiolites. Pour Ontologia : extraction de la classe dominante par commune par ST_Intersection + flag dérivé calcicole (calcaires, craie, marnes) / silicicole(granites, gneiss, schistes) — déterminant biogéographique majeur pour la flore.

Éditeur

BRGM — Bureau de Recherches Géologiques et Minières (établissement public)

Licence

Licence Ouverte Etalab 2.0

Lien

geoservices.brgm.fr/geologie

BRGM (Bureau de Recherches Géologiques et Minières).
Lithologie simplifiée au 1/1 000 000 de la France métropolitaine.
WFS GéoServices BRGM. https://geoservices.brgm.fr/geologie

SoilGrids 2.0 — propriétés des sols mondiales 250 m

Cartes mondiales des propriétés des sols à 250 m de résolution, dérivées par Quantile Random Forest sur 240 000 mesures sol + 400 covariables environnementales. Substitut CC-BY de LUCAS Soil 2018(auth ESDAC requise, pas de couverture continue). Pour Ontologia : 9 propriétés à 0-5 cm de profondeur (couche racinaire principale) — pH H₂O, carbone organique (SOC), azote total, capacité d'échange cationique (CEC), densité apparente, fragments grossiers, texture sand / silt / clay.

Éditeur

ISRIC — World Soil Information (Wageningen)

Licence

CC-BY 4.0

Lien

isric.org/explore/soilgrids

Poggio L., de Sousa L.M., Batjes N.H., Heuvelink G.B.M., Kempen B.,
Ribeiro E., Rossiter D. 2021.
SoilGrids 2.0: producing soil information for the globe with quantified spatial uncertainty.
SOIL 7: 217-240.
doi: 10.5194/soil-7-217-2021

OpenStreetMap France (Geofabrik) — paysage anthropique

Extraction de l'intégralité de la base OSM pour la France métropolitaine via le mirroir Geofabrik (PBF de 4.7 GB). Filtrage osmium tags-filter sur 4 thèmes paysage par commune : densité routière (km/km²), densité de haies bocagères (barrier=hedge, indicateur Type C Ontologia inspiré des travaux de F. Burel sur les paysages bocagers — Landscape Ecology 1992), longueur de cours d'eau (waterway), nombre de lieux-dits / hameaux nommés. Reprojection Lambert 93 pour mesures planimétriques en mètres.

Éditeur

OpenStreetMap Contributors / Geofabrik GmbH (mirroir)

Licence

Open Database License (ODbL) 1.0

Lien

download.geofabrik.de/europe/france

OpenStreetMap Contributors (2024).
France-latest.osm.pbf — extraction nationale au format Protocol Buffer.
Geofabrik GmbH, Karlsruhe. https://download.geofabrik.de/europe/france.html
Données sous licence ODbL 1.0.

Naïades / Hub'Eau — qualité physico-chimique des cours d'eau

Banque nationale d'hydrobiologie et physico-chimie des eaux superficielles (Naïades), exposée via l'API REST Hub'Eau. Pour Ontologia : médianes 2020-2025 sur 4 paramètres SANDRE clés des stations de mesure, jointes aux communes par buffer + spatial proximité — nitrates (1340), phosphates (1433), ammonium (1335), oxygène dissous (1311). Classe SEQ-Eau (1=très bonne à 5=mauvaise) dérivée par règle « maillon faible » sur les 4 paramètres.

Éditeur

Office français de la biodiversité (OFB) — Système d'Information sur l'Eau (SIé)

Licence

Licence Ouverte Etalab 2.0

Lien

hubeau.eaufrance.fr/…/api-qualite-cours-deau

Office français de la biodiversité (OFB) — Système d'Information sur l'Eau.
API Hub'Eau — Qualité physico-chimique des cours d'eau (qualite_rivieres v2).
SANDRE codes paramètres : 1340 nitrates, 1433 phosphates, 1335 ammonium, 1311 oxygène dissous.

BNV-D — Banque des Ventes des Distributeurs (pesticides)

Banque Nationale des Ventes des Distributeurs de produits phytopharmaceutiques : achats déclarés par les distributeurs agricoles, ventilés par code postal× substance active × année. Couverture Ontologia : 5 millésimes 2020-2024, ~6.7M lignes. Agrégation à la commune via crosswalk LaPoste hexasmal avec roll-down arrondissement (Paris 75101→75056, Marseille 13201→13055, Lyon 69381→69123). Métriques exposées : kg/an total, dont CMR (cancérogène, mutagène, reprotoxique), répartition par fonction (herbicide / fongicide / insecticide), nombre de substances distinctes. Indicateur de pression chimique sur la biodiversité.

Éditeur

Office français de la biodiversité (OFB) — DEAL — diffusion data.gouv.fr

Licence

Licence Ouverte Etalab 2.0

Lien

data.gouv.fr/…/achats-pesticides-code-postal

Office français de la biodiversité (OFB) — DEAL.
Banque Nationale des Ventes de Distributeurs (BNV-D), achats par code postal.
Millésimes 2020, 2021, 2022, 2023, 2024.
Diffusion data.gouv.fr — Licence Ouverte Etalab 2.0.

FungalTraits — traits écologiques des champignons

Base de référence académique structurée par genre pour 10 772 genres de champignons et stramenopiles fongoïdes (Dikarya, Mucoromycota, Chytridiomycota, Cryptomycota + Oomycota). 16 traits structurés : mode de vie principal/secondaire (saprotrophe sol/litière/bois, pathogène végétal, mycoparasite, mycorhizien arbusculaire/ectomycorhizien/ éricoïde/orchidée, endophyte foliaire/racinaire, lichénisé, levure...), capacité endophyte, pathogénicité végétale et animale, type et substrat de décomposition, habitat aquatique, fructification (apothécium, basidiocarpe, pyrénocarpe...), hyménium (lisse, lamelles, pores...), type d'exploration ectomycorhizien (contact, courte/moyenne/longue distance), photobionte des lichens. Pour Ontologia : 24 982 espèces de champignons FR matchées(héritage genre→espèce), 170 077 traits insérés. Match par genre extrait du scientific_name.

Éditeur

Põlme S., Abarenkov K., Henrik Nilsson R. et al. — Université de Tartu (Estonie) + consortium UNITE

Licence

CC-BY 4.0

Mirror

github.com/globalbioticinteractions/fungaltraits

Article

doi.org/10.1007/s13225-020-00466-2

Põlme S., Abarenkov K., Henrik Nilsson R. et al. 2020.
FungalTraits: a user-friendly traits database of fungi and fungus-like stramenopiles.
Fungal Diversity 105: 1-16.
doi: 10.1007/s13225-020-00466-2

FungalRoot v.2.0 — mycorhization des plantes vasculaires

Plus grande base empirique d'associations mycorhiziennes plante-champignon au monde. 36 545 records, 14 870 espèces de plantes vasculairesavec types de mycorhize : AM (mycorhize arbusculaire — Glomeromycota), EcM (ectomycorhize — Basidiomycota/Ascomycota), ErM (mycorhize éricoïde — Ericaceae × Helotiales), OrM (mycorhize d'orchidée — Orchidaceae × Tulasnellaceae), non-mycorrhizal (Brassicaceae, Cyperaceae, plantes aquatiques), plus combinaisons (EcM+AM, ErM+EcM). Agrégation par espèce de plante par mode (type majoritaire observé) avec confidence proportionnelle au support. Pour Ontologia : 2 699 plantes FR matchées avec leur type de mycorhize dominant. Compilation depuis ~360 publications + observations PlutoF + GBIF.

Éditeur

Soudzilovskaia N.A. et al. — Leiden University + consortium FungalRoot

Licence

CC-BY 4.0

Format

Darwin Core Archive via GBIF (dataset 744edc21-8dd2-474e-8a0b-b8c3d56a3c2d)

Article v1

doi.org/10.1111/nph.16569

Article v2

doi.org/10.1111/nph.18207

Soudzilovskaia N.A., Vaessen S., Barcelo M., He J., Rahimlou S., Abarenkov K.,
Brundrett M.C., Gomes S.I., Merckx V., Tedersoo L. 2020.
FungalRoot: global online database of plant mycorrhizal associations.
New Phytologist 227: 955-966. doi: 10.1111/nph.16569

Soudzilovskaia N.A. et al. 2022. FungalRoot v.2.0 — an empirical database of
plant mycorrhizal traits: A response to Bueno et al. (2021).
New Phytologist 235: 1689-1691 (Letter). doi: 10.1111/nph.18207

SAPROX / FRISBEE — coléoptères saproxyliques de France

Programme national copiloté par OPIE × PatriNat (MNHN) × INRAE × ONF × IGN(1988–en cours). Deux référentiels articulés : SAPROX V1.6 2022 (Bouget et al. 2018) = liste taxinomique des 2 647 coléoptères saproxyliques de France métropole (TAXREF v15) avec indice de patrimonialité IP-Bouget 1-4 et statut Obligatoire/Facultatif ; Brustel 2001 (Dossier forestier ONF n°13, 2004) = liste de 300 espèces bioindicatrices avec essence végétale (Quercus, Fagus, Pinus, feuillus, résineux...), habitat larvaire (gros bois, carpophores, cavités d'arbres, bois cariés, sous-écorces...), régime trophique (xylophile I/II, mycétophage, saproxylophage, prédateur), et indices If (fonctionnel 1=très spécialisé / 4=banal), Ips (patrimonial supra-régional) et Ipn (patrimonial national). Pour Ontologia : 2 635 coléoptères matchés (IP-Bouget + statut), 275 indicateurs Brustelavec leurs traits écologiques détaillés, 6 781 traits insérés au total. Sous-domaine d'origine saprox.mnhn.fr DNS down depuis 2024 → fichiers récupérés via Wayback Machine.

Éditeur

Bouget C., Brustel H., Noblecourt T. — INRAE Nogent-sur-Vernisson + École d'Ingénieurs de Purpan + ONF + MNHN/PatriNat

Licence

Licence Ouverte Etalab 2.0 (équivalent CC-BY 4.0, données INPN/SINP)

Site

saprox.mnhn.fr (ou via Wayback Machine si DNS down)

Bouget C., Brustel H., Brin A., Noblecourt T. 2010.
The French Information System on Saproxylic BEetle Ecology (FRISBEE):
an ecological and taxonomical database to help with the assessment of
forest conservation status. Revue d'Écologie (La Terre et la Vie),
Suppl. 10: 33-36.

Brustel H. 2004. Coléoptères saproxyliques et valeur biologique des
forêts françaises. Dossier Forestier n°13, Office National des Forêts,
Paris. 301 p. (thèse INPT 2001).

Bouget C., Brustel H., Noblecourt T., Zagatti P. 2019. Les Coléoptères
saproxyliques de France: catalogue écologique illustré.
Patrimoines Naturels vol. 79, MNHN Paris. 744 p.

Hagge 2021 — morphologie des coléoptères saproxyliques européens

Base morphologique pour 1 157 coléoptères saproxyliques européens, mesurés sur 1 376 spécimens (sous-échantillons). 37 traits : masse, dimensions corps (longueur/largeur/hauteur, rondeur, clarté de coloration sur 255 niveaux), tête, pronotum, élytres, ailes (longueur/largeur/aire/aspect/charge), mandibule (longueur/aspect), yeux (longueur/aire), pattes I/II/III (fémur/tibia longueur+largeur), statut UICN Allemagne. Étude de modélisation du risque d'extinction : 6 traits sur 13 corrèlent significativement (taille, rondeur du corps, longueur d'aile et charge alaire surtout). Pour Ontologia : 1 066 coléoptères FR matchés, 37 115 traits morpho insérés.

Éditeur

Hagge J., Müller J., Birkemoe T. et al. — Bavarian Forest National Park + Norwegian Univ. of Life Sciences

Licence

CC0 1.0 Universal (domaine public)

Dataset

datadryad.org/dataset/doi:10.5061/dryad.2fqz612p3

Article

doi.org/10.1111/1365-2656.13512

Hagge J., Müller J., Birkemoe T., Buse J., Christensen R.H.B., Gossner M.M.,
Gruppe A., Heibl C., Jarzabek-Müller A., Seibold S., Siitonen J., Soutinho J.G.,
Sverdrup-Thygeson A., Thorn S., Drag L. 2021. What does a threatened saproxylic
beetle look like? Modelling extinction risk using a new morphological trait
database. Journal of Animal Ecology 90: 1934-1947. doi: 10.1111/1365-2656.13512

LepTraits MW2020 — traits des papillons d'Europe et du Maghreb

Base structurée pour 542 papillons d'Europe et du Maghreb(Papilionoidea), 25 traits codés en abréviations courtes (cf ButterflyTraitDefinitions.pdf source) : voltinisme min/max (générations par an), stade et lieu d'hibernation, lieu de pupation (enterré, herbier, arbuste, canopée, fourmilière), association myrmécophile (mono/oligo/poly-spécifique), plante-hôte (type, port, partie consommée, taille, spécialisation), environnement larvaire, oviposition (type d'œuf, lieu, architecture ponte), mois de premier/dernier vol, recherche de partenaires, basking (type, substrat). Pour Ontologia : 261 papillons FR matchés, 6 669 traits papillons insérés. Les codes sont conservés tels quels (doctrine no-LLM) — voir le PDF de définitions sur Dryad pour la décomposition exhaustive.

Éditeur

Middleton-Welling J. et al. — Univ. of Reading + consortium European Butterfly Trait DB

Licence

CC0 1.0 Universal (domaine public)

Dataset

datadryad.org/dataset/doi:10.5061/dryad.6m905qfx6

Article

doi.org/10.1038/s41597-020-00697-7

Middleton-Welling J., Dapporto L., García-Barros E., Wiemers M., Nowicki P.,
Plazio E., Bonelli S., Zaccagno M., Settele J., Schweiger O., Harpke A.,
Dennis R.L.H., Shreeve T.G. 2020. A new comprehensive trait database of
European and Maghreb butterflies, Papilionoidea. Scientific Data 7: 351.
doi: 10.1038/s41597-020-00697-7

Xeno-canto — vocalisations animales

Base mondiale collaborative d'enregistrements de vocalisations animales (oiseaux, chiroptères, orthoptères, amphibiens, mammifères vocalisants). Modèle scientifique reconnu, cité par 1 500+ publications. Pour Ontologia : ~50 000 captations France métropole en qualité A et B couvrant 843 espèces, hot-linkées sur les fiches espèces (audio + spectrogramme) avec attribution Creative Commons individuelle par captation, lien retour vers la fiche Xeno-canto et nom du recordist. Filtres à l'import : qualité ≥ B uniquement, pour ne servir que des captations exploitables. Tri à l'affichage : chants d'abord, puis cris / écholocation, par ordre de qualité décroissante.

Éditeur

Xeno-canto Foundation (Naturalis Biodiversity Center)

Licence

Variable par captation (CC-BY-NC-SA, CC-BY-NC, CC-BY-SA, CC-BY, CC0) — affichée sur chaque média

Lien

xeno-canto.org

Xeno-canto Foundation (2026).
Sharing wildlife sounds from around the world.
API v3 https://xeno-canto.org/api/3/recordings
Naturalis Biodiversity Center, Leiden.
Citation par captation : voir attribution sur chaque enregistrement.

Wikidata

Base de connaissance collaborative ouverte (projet Wikimedia). Utilisée pour trois usages complémentaires :

• Cross-références taxonomiques : identifiants EOL, IUCN, GBIF, INPN (CD_NOM), NCBI, ITIS, noms vernaculaires multilingues, image principale Commons (P18), descriptions courtes FR. ~80 k espèces TAXREF matchées avec une entité Wikidata (QID).
• Traits biologiques quantitatifs en fallback : masse (P2067), longueur (P2043), longévité (P3485), gestation (P3063), nombre de chromosomes (P1402), etc. — 25+ propriétés scannées. Usage fallback quand aucune source spécialisée (AnAge, AVONET…) ne couvre l'espèce.
• Interactions écologiques : proies (P1303) et prédateurs (P2176) alimentent le graphe GloBI en complément des études terrain.

Éditeur

Wikimedia Foundation & communauté

Licence

CC0 1.0 (domaine public)

Lien

wikidata.org

Wikipédia francophone

Source des chapeaux d'articles d'introduction affichés sur les fiches d'espèces documentées (~10 000 espèces TAXREF ont un article FR). Récupérée via l'API REST Wikimedia. Attribution automatique visible sur chaque description avec lien vers l'article original.

Éditeur

Wikimedia Foundation & communauté francophone

Licence

CC BY-SA 4.0 (partage dans les mêmes conditions)

Lien

fr.wikipedia.org

Wikimedia Commons

Médiathèque collaborative libre de Wikimedia. Source principale des galeries photos d'espèces affichées sur le site. Chaque photo est hotlinkée directement depuis les CDN Wikimedia avec son attribution complète (auteur, licence, URL d'origine). Licences variées selon les contributeurs : domaine public, CC0, CC BY, CC BY-SA.

Éditeur

Wikimedia Foundation & contributeurs

Licence

Variables par fichier (affichées au clic sur la photo)

Lien

commons.wikimedia.org

Tela Botanica (eFlore / bdtfx)

Réseau botanique francophone historique. Utilisée pour enrichir les fiches plantes (~20 000 espèces de la flore française) avec des descriptions morphologiques et écologiques complémentaires (habitat, floraison, répartition), via l'API eFlore / BDTFX (Base de Données Taxonomiques de la Flore de France).

Éditeur

Association Tela Botanica

Licence

CC BY-SA 4.0 (partage dans les mêmes conditions)

Lien

tela-botanica.org

iNaturalist

Plateforme mondiale d'observations naturalistes communautaires. Utilisée comme source complémentaire de photos « research-grade » (observations validées) pour les espèces où Wikimedia Commons n'a pas de couverture suffisante. Chaque photo conserve son attribution d'auteur et sa licence CC individuelle, visibles au clic.

Éditeur

California Academy of Sciences + National Geographic

Licence

Variables par observation/photo (CC0, CC BY, CC BY-NC, CC BY-SA — affichées sur chaque média)

Lien

inaturalist.org

Encyclopedia of Life (EOL)

Consortium scientifique international (Smithsonian, Harvard, Field Museum…) qui agrège les connaissances sur toutes les espèces connues. Utilisée comme cross-reference pour enrichir nos fiches avec des liens vers les pages EOL correspondantes (~47 000 espèces TAXREF matchées). EOL elle-même agrège des descriptions issues de FishBase, ITIS, Wikipedia, traités taxonomiques…

Éditeur

EOL Secretariat, Smithsonian Institution

Licence

CC BY-SA 3.0 (variable selon les sources)

Lien

eol.org

OpenStreetMap

Fond de carte des cartes interactives (fiche commune, carte de répartition des espèces, carte choropleth des départements). Les tuiles sont servies par les serveurs OpenStreetMap communautaires. L'attribution légale est affichée en bas-droite de chaque carte sur le site, comme requis par la licence ODbL.

Éditeur

Contributeurs OpenStreetMap

Licence

ODbL 1.0 (Open Database License)

Lien

openstreetmap.org/copyright

API Découpage administratif (geo.api.gouv.fr)

Base officielle des 34 879 communes françaises : code INSEE, nom, département, région, population, centroïde et polygone de contour. Alimente toutes les fonctionnalités cartographiques et géographiques du site (fiches commune, voisinages, appartenance aux départements).

Éditeur

Direction interministérielle du numérique (DINUM) / Etalab

Licence

Licence Ouverte Etalab 2.0 (données IGN Admin Express + INSEE)

Lien

geo.api.gouv.fr

france-geojson (Grégoire David)

Contours simplifiés des 101 départements français (métropole + DOM) en GeoJSON. Utilisés pour la carte choropleth de répartition des espèces sur la fiche détail. Dérivé d'IGN Admin Express avec simplification Douglas-Peucker pour un rendu web fluide.

Auteur

Grégoire David

Licence

MIT (données source IGN Admin Express, Licence Ouverte 2.0)

Lien

github.com/gregoiredavid/france-geojson

Descriptions Ontologia (template factuel)

Pour les espèces sans description textuelle disponible dans les sources ci-dessus (~90 000 espèces peu documentées), une phrase factuelleest générée par template, en concaténant uniquement des faits vérifiés issus de TAXREF + HABREF + BDC-Statuts + observations GBIF :

« Onthophagus semicornis est un insecte de la famille des Scarabaeidae.
  Fréquente principalement les milieux prairiales et forestiers.
  Observée sur 589 communes françaises. »

Ces descriptions sont signalées par la source Ontologia en attribution. Aucun LLM n'est utilisé : pur assemblage déterministique de données structurées.

Contributions communautaires

Les relations et corrections suggérées par les visiteurs, après modération, enrichissent le graphe. Ces contributions sont publiées sous la même licence que la base cœur (TAXREF v18, Etalab 2.0).